Μετά από επισκέψεις στο έργο παρουσία και των επιβλεπόντων μηχανικών διαπιστώθηκε ότι το κτίριο βρισκόταν ακόμα σε λειτουργία και δεν ήταν δυνατόν να αρχίσουν οι εργασίες. Η εκκένωση του κτιρίου από τους χρήστες και η διακοπή της παροχής ρεύματος ολοκληρώθηκε τέλη Σεπτεμβρίου του 2013, οπότε και παραδόθηκε ελεύθερο το κτίριο για να ξεκινήσουν οι εργασίες. Μετά την παράδοση του κτιρίου, στα πλαίσια του ελέγχου για τη διακρίβωση της Μελέτης Εφαρμογής και σε συνεννόηση με την Υπηρεσία έγιναν δειγματοληπτικές τομές εσωτερικά και εξωτερικά του κτιρίου για την εξακρίβωση των στοιχείων του εδάφους.
Οι εργασίες κατασκευής του έργου ξεκίνησαν στις 13-11-2013, ήτοι 4 μήνες αργότερα από ότι προβλεπόταν στο αρχικό χρονοδιάγραμμα κατασκευής του έργου. Επίσης απαιτήθηκε χρόνος αναμονής 2,5 μήνες περίπου για την αδειοδότηση κατεδάφισης των προκτισμάτων της αυλής και τη διάθεση των στοιχείων από αμίαντο.-
Για το εντός θεάτρου τμήμα επιφανείας 400 m2 περίπου, τα τελικά σχέδια επεμβάσεων τόσο του ισογείου όσο και του ορόφου που αφορούν το μεταλλικό φορέα παραδόθηκαν στις 15/5/2015 από την Περιφερειακή Ενότητα Σάμου, η οποία είναι ο φορέας διαχείρισης του έργου.-Η τραπεζική αργία και τα capital controls που επιβλήθηκαν στις 26/6/2015 δημιούργησαν σοβαρά προβλήματα στην προμήθεια των απαιτούμενων υλικών και μηχανημάτων για την απρόσκοπτη πορεία εκτέλεσης του έργου.
