Η υπόθεση της μετατροπής του ΚΕΦΙΑΠ Σάμου σε ειδικό σχολείο (ΣΜΕΑΕ) εγείρει σοβαρά ζητήματα νομιμότητας και αρμοδιοτήτων. Το κτίριο κατασκευάστηκε με ευρωπαϊκή χρηματοδότηση για συγκεκριμένο σκοπό — την παροχή υπηρεσιών υγείας και αποκατάστασης — και οι σχετικοί κανονισμοί των Διαρθρωτικών Ταμείων προβλέπουν ρητές δεσμεύσεις ως προς τη διατήρηση της χρήσης του.
Η αλλαγή χρήσης δεν εμπίπτει στις αρμοδιότητες της τοπικής αυτοδιοίκησης, αλλά απαιτεί κεντρική κρατική απόφαση και ενδεχομένως νομοθετική ρύθμιση. Παράλληλα, παραμένουν αναπάντητα κρίσιμα ερωτήματα για τη χρονική διάρκεια των ευρωπαϊκών δεσμεύσεων και για το αν έχει υπάρξει επίσημη τροποποίηση του σκοπού του έργου.
Σοβαρά ερωτήματα τίθενται επίσης για την ευθύνη της Δημοτικής Αρχής και της διοίκησης του Νοσοκομείου, καθώς και για την πολεοδομική και περιβαλλοντική νομιμότητα του ακινήτου. Μέσα σε αυτή τη θεσμική ασάφεια, τα παιδιά και οι οικογένειές τους εξακολουθούν να ζητούν το αυτονόητο: μια σταθερή και νόμιμη εκπαιδευτική λύση.
