Σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 28 του ν. 2738/1999 (ΦΕΚ Α΄ 180/9.9.1999), όπως ισχύουν, «με προεδρικά διατάγματα που εκδίδονται με πρόταση των Υπουργών Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης και Εμπορικής Ναυτιλίας και μετά από γνώμη του Δημοτικού ή Νομαρχιακού Συμβουλίου, μπορούν να μεταφέρονται σε Δήμους ή Νομαρχιακές Αυτοδιοικήσεις, αρμοδιότητες υφιστάμενων, κατά τη δημοσίευση του παρόντος, Λιμενικών Ταμείων. Με όμοια προεδρικά διατάγματα μπορούν να καταργούνται υφιστάμενα Λιμενικά Ταμεία».
Το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους με τη με αριθμ. 365/2005 Γνωμοδότηση της Ολομέλειας και επί του ερωτήματος «εάν τα υπό σύσταση δημοτικά ή νομαρχιακά λιμενικά ταμεία νομιμοποιούνται στην άσκηση των αρμοδιοτήτων τους πριν από την έκδοση του π.δ/τος της κατάργησης των υφιστάμενων Λιμενικών Ταμείων με
α)ταυτόχρονη έκδοση του Οργανισμού Εσωτερικής Υπηρεσίας τους, του προϋπολογισμού τους, δεδομένου ότι δεν έχουν εκδοθεί οι αντίστοιχες ΚΥΑ περί καθορισμού της γεωγραφικής περιοχής ευθύνης και των πόρων των διασπούμενων Λιμενικών Ταμείων και
β)χωρίς τη συνέργεια του συναρμόδιου Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας το οποίο… ασκεί την καθ’ ύλην εποπτεία επί των Λιμενικών Ταμείων της Χώρας», αποφάνθηκε «ότι στο ερώτημα προσήκει συνολικά θετική απάντηση», διευκρινίζοντας ότι «υπάρχει με τη σύσταση του Λιμενικού Ταμείου ή Λιμενικών Ταμείων αυτοδίκαιη κατάργηση του παλαιού Λιμενικού Ταμείου και μεταφορά των αρμοδιοτήτων του… χωρίς να είναι αναγκαία η κατάργηση με την έκδοση σχετικού π.δ.
Τέλος, η εποπτεία του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας συνδέεται καταρχήν με την ύπαρξη Λιμενικών Ταμείων που λειτουργούν στο πλαίσιο της νομοθεσίας που διέπει αυτά (ΒΔ 14/19.1.1939 – Α24). Από τη μετατροπή τους σε δημοτικά ή νομαρχιακά λιμενικά ταμεία οι αρμοδιότητες που ασκούν είναι τοπικές αρμοδιότητες και υπόκεινται μόνον στην εποπτεία που προβλέπεται στη νομοθεσία περί ΟΤΑ πρώτης και δεύτερης βαθμίδας. Άλλωστε ο νόμος διαχώρισε από τις ανωτέρω τοπικές αρμοδιότητες εκείνες που έχουν γενικότερη σημασία (παρ. 10 και 11 του ν. 2738/1999)».
Παρ' όλα αυτά η τότε ηγεσία του ΥΕΝΑΝΠ δεν επελήφθη επί της αποδοχής ή μη της Γνωμοδότησης αυτής και η Υπηρεσία Γενικής Γραμματείας Λιμένων και Λιμενικής Πολιτικής, προκειμένου να διατηρήσει την εποπτεία επί των προαναφερόμενων Λιμενικών Ταμείων, υιοθέτησε την παλαιά θέση του ΥΠΕΣΔΔΑ, ότι δηλ. ήταν απαραίτητο να προηγηθεί η έκδοση Π.Δ/των κατάργησης του υφισταμένου Λιμενικού Ταμείου.
Την ίδια άποψη στη συνέχεια σύμφωνα με τα αριθ. 23722,20645,18832/31-05-2007 και αριθ. 10028/25-08-2009 έγγραφα του εξέφραζε και το Υπουργείο Εσωτερικών, καθώς η αρμόδια Υπηρεσία του πληροφορούσε τις Δημοτικές Αρχές ότι εφόσον δεν είχε γίνει αποδεκτή από τον κ. ΥΕΝΑΝΠ η γνωμοδότηση της Ολομέλειας του Ν.Σ.Κ.. ως Δημοτικά Λιμενικά Ταμεία λειτουργούσαν εκείνα τα νομικά πρόσωπα, για τα οποία είχαν ολοκληρωθεί οι διαδικασίες έκδοσης τόσο του Π.Δ/τος μεταφοράς αρμοδιοτήτων όσο και του αντίστοιχου Π.Δ/τος κατάργησης του υφιστάμενου Λιμενικού Ταμείου.
Συνεπώς βρισκόταν σε εκκρεμότητα το θέμα της λειτουργίας των Δημοτικών Λιμενικών Ταμείων για τα οποία έχει εκδοθεί το Π.Δ. μεταφοράς των αρμοδιοτήτων από τα υφιστάμενα Λιμενικά Ταμεία στους Δήμους, αλλά δεν έχουν εκδοθεί ακόμη τα αντίστοιχα Π.Δ. κατάργησης των εποπτευόμενων από το ΥΕΝΑΝΠ Λιμενικών Ταμείων.
Όμως, με την εγκ.1/οικ.3360/26.01.2012 του ΥΠ.ΕΣ. επισημαίνεται ότι η ανωτέρω ΓνΝΣΚ γίνεται αποδεκτή αποσαφηνίζοντας το θέμα περί λειτουργίας Δημοτικού Λιμενικού Ταμείου χωρίς την υποχρέωση έκδοσης των Π.Δ. κατάργησης των υφιστάμενων Λιμενικών Ταμείων, εφόσον έχει εκδοθεί Π.Δ. μεταφοράς αρμοδιοτήτων του μέχρι τότε υφιστάμενου Λιμενικού Ταμείου, στο Δήμο.
Περαιτέρω, το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους με τη με αριθμ. 155/2007 Γνωμοδότηση του Γ΄ Τμήματος η οποία έγινε επίσης αποδεκτή με την εγκ.1/οικ.3360/26.01.2012 του ΥΠ.ΕΣ., αποφάνθηκε ότι η διαχείριση και εκμετάλλευση των ακινήτων Λιμενικού Ταμείου (που δεν καταργήθηκε ενώ οι αρμοδιότητές του που αφορούν το Δήμο μεταφέρθηκαν με Π.Δ. σε Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο) που βρίσκονται στην περιοχή λιμένα εντός των ορίων του Δήμου, και ανήκαν στην κυριότητα του Λιμενικού Ταμείου, θα ασκείται από το Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο, στο οποίο περιέρχονται κατά κυριότητα τα εν λόγω ακίνητα εκ του νόμου, από του διορισμού των μελών του πρώτου Διοικητικού του Συμβουλίου, από του οποίου αρχίζει η ισχύς του π.δ. μεταφοράς αρμοδιοτήτων.
Επιπλέον, δεν συντρέχει περίπτωση μεταφοράς μέρους του υφιστάμενου προσωπικού του Λιμενικού Ταμείου στο Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο, διότι περίπτωση μεταφοράς προσωπικού Λιμενικού Ταμείου προϊσχύοντος νομοθετικού καθεστώτος σε νεοσυσταθέν Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο συντρέχει μόνο επί καταργήσεως του Λιμενικού Ταμείου, ή όταν αποτελεί συνέπεια της μεταφοράς όλων των αρμοδιοτήτων του σε νεοσυσταθέντα Δημοτικά Λιμενικά Ταμεία. Επομένως, σε περίπτωση μεταφοράς μέρους μόνο των αρμοδιοτήτων μη καταργούμενων Λιμενικών Ταμείων σε Δημοτικά Λιμενικά Ταμεία, δεν τίθεται ζήτημα μεταφοράς του προσωπικού ή μέρους αυτού από τα πρώτα στα δεύτερα.
