Στο «στόχαστρο» της εφορίας μπαίνει πλέον η απόδοση του επιναύλου από τις ακτοπλοϊκές εταιρείες. Ήδη το υπουργείο Οικονομικών ενημέρωσε εγγράφως όλες τις Δημόσιες Οικονομικές Υπηρεσίες (Δ.Ο.Υ.) ότι είναι στην αρμοδιότητά τους να ελέγχεται η ορθή απόδοση του επιναύλου, που καταβάλλεται από όλους τους επιβάτες και τα οχήματα με την αγορά του εισιτηρίου για τη μεταφορά με οποιοδήποτε πλοίο. Μέχρι τώρα, η απόδοση του επιναύλου, που καθιερώθηκε με νόμο από το 2001 ως το μοναδικό έσοδο του κράτους για την παροχή επιδοτήσεων για την κάλυψη των λεγόμενων άγονων γραμμών, γινόταν βάσει στοιχείων των ίδιων των εταιρειών, χωρίς ουσιαστικά να υπάρχει δυνατότητα διασταύρωσης.
Μέχρι τα τέλη του 2008, ο επίναυλος αποδιδόταν σε ειδικό λογαριασμό του πρώην υπουργείου Ναυτιλίας και ακολούθως με την κατάργηση όλων των ειδικών λογαριασμών άρχισε η απόδοση στο υπουργείο Οικονομικών, για να διαπιστωθεί αργότερα ότι υπήρχε κενό στον ελεγκτικό μηχανισμό.
