Εντονες είναι οι αντιδράσεις για τη δημιουργία του νέου υπουργείου Θαλασσίων Υποθέσεων, Νήσων και Αλιείας και κυρίως αυτές εντοπίζονται για το ποιες θα είναι αυτές οι αρμοδιότητες και αν στο νέο διοικητικό σχήμα θα συμπεριλαμβάνεται το Λιμενικό Σώμα, μετά την ιδιαίτερα σκληρή ανακοίνωση της Ενωσης Ελλήνων Εφοπλιστών, που ουσιαστικά καταγγέλλει την κυβέρνηση ότι «πειραματίζεται με την ελληνική ναυτιλία» και ζητεί να «επανιδρύσει το υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας». Ασφαλείς πληροφορίες αναφέρουν ότι το σχετικό Προεδρικό Διάταγμα υπεγράφη από τον πρωθυπουργό κ. Γιώργο Παπανδρέου και σε αυτό καθορίζονται επακριβώς οι αρμοδιότητες του νέου υπουργείου. Από ό,τι διέρρευσε, το νέο υπουργείο παίρνει στο σύνολό του όλες τις αρμοδιότητες που είχε το Προεδρικό Διάταγμα 189/2009 - πρόκειται για το τρίτο κατά σειρά ΠΔ που είχε εγκριθεί το τελευταίο ενδεκάμηνο - και σε αυτό περιλαμβάνονται οι αρμοδιότητες των λιμένων, της ακτοπλοΐας, της κρουαζιέρας, του γιότινγκ, της ασφάλειας της ναυσιπλοΐας, η ναυτική εκπαίδευση, η πρόνοια κ.λπ.
Επίσης, το νέο υπουργείο παίρνει το σύνολο της αρμοδιότητας της Γενικής Γραμματείας Νησιωτικής Πολιτικής, που ανήκε στο υπουργείο Μεταφορών, Υποδομών και Δικτύων και τη Διεύθυνση Αλιείας από το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης. Το Λιμενικό Σώμα παραμένει στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη.
