Θέμα αμοιβαιότητας για την επαναλειτουργία της Θεολογικής Σχολής στη Χάλκη, θέτει η τουρκική πολιτική ηγεσία, προβάλλοντας ζητήματα της μουσουλμανικής μειονότητας στη Θράκη.
Στην ίδια ζυγαριά βάζουν τη Χάλκη και τη μειονότητα ο Γκιουλ και ο Ερντογάν Το θέμα έθεσε ο Τούρκος πρωθυπουργός σε συνέντευξή του που δημοσιεύεται στο τρέχον τεύχος του μηνιαίου τουρκικού περιοδικού «Κριτέρ»:
«Το θέμα της Θεολογικής Σχολής προϋποθέτει μια πολυδιάστατη διαδικασία. Πρέπει να εξεταστεί λεπτομερώς, στη βάση τόσο της νομοθεσίας μας όσο και του εκπαιδευτικού μας συστήματος. Ηδη συνεχίζονται οι σχετικές προσπάθειες της αρμόδιας υπουργού και των σχετικών θεσμών. Στο σημείο αυτό όμως θα πρέπει να ληφθούν υπ' όψιν τα αιτήματα της τουρκικής μειονότητας στη Δυτική Θράκη, από την κυβέρνηση της Ελλάδας. Και η ελληνική κυβέρνηση θα πρέπει να ασχοληθεί ταυτόχρονα με τα ζητήματα αυτά και να δώσει λύση στα προβλήματα των ιερωμένων, της ηγεσίας, της ανεργίας και των μειονοτικών συνδέσμων».
Ο Ερντογάν αναφέρεται γενικότερα στα θέματα των μη μουσουλμανικών μειονοτήτων και λέει πως «στην πραγματικότητα, εδώ και επτά χρόνια κάναμε σημαντικά βήματα. Από το 2004 συνεδριάζει η Επιτροπή Αξιολόγησης Μειονοτικών Προβλημάτων. Ψηφίσαμε τον νέο νόμο για τα βακούφια και εξαλείψαμε σε μεγάλο βαθμό τα προβλήματα των μειονοτικών βακουφίων».
Ως προς την επιτροπή στην οποία αναφέρεται ο Ερντογάν, σημειώνεται ότι πρόκειται για την υποεπιτροπή μειονοτήτων», που συστάθηκε το 1962 στο πλαίσιο της γενικής ασφάλειας. Εκπρόσωπος του τουρκικού υπουργείου Εξωτερικών, ενημερώνοντας στις 15 Οκτωβρίου 2003 τους βουλευτές - μέλη της υποεπιτροπής ανθρωπίνων δικαιωμάτων της Βουλής, είχε πει τα εξής: «Το 1962, το υπουργείο Εξωτερικών με επιστολή του προς το γραφείο του πρωθυπουργού και αφού έλαβε υπ' όψιν το Κυπριακό, τις σχέσεις με την Ελλάδα και την αριθμητική παρουσία της ελληνικής μειονότητας στην Κωνσταντινούπολη, ζήτησε τη σύσταση επιτροπής με συμμετοχή εκπροσώπων του υπουργείου Εξωτερικών, του υπουργείου Εσωτερικών, της Γενικής Ασφάλειας και της ΜΙΤ για τη λήψη μέτρων, με σκοπό να τεθούν υπό έλεγχο οι ανεξέλεγκτες μειονότητες, να πάρουν τα δικαιώματα που έχουν και να εμποδιστούν οι αδικίες που κάνουν ή οι άδικες κατακτήσεις τους».
Τον περασμένο Απρίλιο, η τουρκική εφημερίδα «Μιλιέτ» είχε αποκαλύψει πρακτικό συνεδρίασης της εν λόγω επιτροπής στις 9 Μαΐου 2000, όπου ελήφθη απόφαση-απάντηση προς το γραφείο του Τούρκου πρωθυπουργού. Η απάντηση ανέφερε ότι η επαναλειτουργία της Θεολογικής Σχολής στη Χάλκη «θα σημαίνει την αλλαγή της ακολουθούμενης εθνικής πολιτικής και του εγγράφου εθνικής πολιτικής».
Στο θέμα της σχολής αναφέρθηκε και ο πρόεδρος της Τουρκίας, Αμπντουλάχ Γκιουλ, μιλώντας στο τουρκικό τηλεοπτικό κανάλι CNN Turk. «Πιστεύω ότι δεν είναι σωστό να τίθεται θέμα αμοιβαιότητας σε θέματα βασικών δικαιωμάτων και ελευθεριών», είπε ο Γκιουλ, αλλά, εννοώντας την Ελλάδα και τη μουσουλμανική μειονότητα, πρόσθεσε: «Στη διπλωματία, ορισμένες φορές, υπάρχουν δυσκολίες. Οταν μια μειονότητά σας που βρίσκεται σε μια άλλη χώρα αντιμετωπίζει πολύ μεγάλα προβλήματα, παρότι υπάρχει εγγύηση για τις βασικές ελευθερίες της, και η εν λόγω χώρα είναι μέλος της Ε.Ε., τότε κι εσείς περιέρχεστε στη θέση να μην μπορείτε να κάνετε κάτι που θέλετε πολύ»
