Ο λαός της Σάμου, πιστός στις παραδόσεις του, δεν συμβιβάστηκε ποτέ με τα προνόμια που του παρείχε ο Σουλτάνος στα 78 χρόνια της Ηγεμονίας της νήσου. Το βλέμμα του ήταν πάντα στραμμένο προς τη Μητέρα Ελλάδα και δεν έβλεπε την ώρα που θα πραγματοποιούνταν το όνειρό του, η Ένωση με τον κορμό του Έθνους.
Τα 13 χρόνια που αγωνίστηκε, από τον Απρίλιο του 1821 που κήρυξε την Επανάσταση στο Βαθύ με τον Κωνσταντίνο Λαχανά και την επισημοποίηση στις 8 του Μάη με επικεφαλής τον Λυκούργο Λογοθέτη και τους άλλους οπλαρχηγούς στο Καρλόβασι, δεν επέτρεψε στους Τούρκους να πατήσουν το πόδι τους στο νησί μας, με μοναδική εξαίρεση τον Κάβο Φονιά, που τους στοίχισε βέβαια ακριβά.
Ταμπουρωμένος στα ακρογιάλια του νησιού, ο Σαμιώτικος λαός ήταν αποφασισμένος να μην επιτρέψει στον τύραννο να πατήσει τον τόπο μας. Με την ηρωική του αντίσταση και με την βοήθεια του Ελληνικού στόλου που στις κρίσιμες στιγμές έδωσε το μαχητικό παρών, αποτράπηκε η καταστροφή του νησιού.
Το 1834 οι τρεις μεγάλες δυνάμεις Αγγλία, Γαλλία και Ρωσία σε συμφωνία με τον Σουλτάνο αποφάσισαν για το μελλοντικό καθεστώς της Σάμου. Η Σάμος με την προστασία των μεγάλων δυνάμεων θα διοικείτο από Ηγεμόνα, διορισμένο από το Σουλτάνο , με περιορισμένα προνόμια και καθεστώς υποτέλειας για το λαό.
Με αγανάκτηση οι άξιοι ηγέτες του νησιού μας άκουσαν την απόφαση και δεν συμβιβάστηκαν. Όλοι οι ηγέτες, 60 τον αριθμό, μαζί τους κι ο Μητροπολίτης Κύριλλος, πήραν το δρόμο της προσφυγιάς. Οι περισσότεροι εγκαταστάθηκαν στην Εύβοια, κυρίως στη Χαλκίδα και τους ακολούθησαν περισσότεροι από 4.000.Από το 1834 έως το 1912, πέρασαν 18 ηγεμόνες. Ο λαός πάλευε όλα αυτά τα χρόνια για τα δικαιώματά του με στραμμένο πάντα το βλέμμα του προς τα δυτικά, στα ελεύθερα ακρογιάλια της Μητέρας Ελλάδας.
Πολλούς από τους ηγεμόνες, με τον αγώνα του , κατόρθωνε να τους στέλνει πίσω στην Τουρκία, γιατί δεν ανέχονταν τον υπέρμετρο αυταρχισμό τους, τον οποίο είχαν διδαχθεί στις οθωμανικές σχολές κι έρχονταν να τον εφαρμόσουν σε ένα φιλελεύθερο 
λαό που είχε δώσει τα πάντα για τη λευτεριά του και δεν δικαιώθηκε.
Στις παραμονές του Βαλκανικού πολέμου του 1912, ηγεμόνας στη Σάμο ήταν ο Ανδρέας Κοπάσης, Τουρκόφιλος , αυταρχικός, είχε καταπατήσει όλα σχεδόν τα προνόμια του Σαμιώτικου λαού, φέρνοντας αρκετό τούρκικο στρατό στο νησί για την εμπέδωση δήθεν της τάξης. Για τις προδοτικές του ενέργειες , δολοφονήθηκε στις 9 του Μάρτη 1912 από τον Σταύρο Δημητρίου Μπαρέτη που κατάγονταν από το χωριό Μπαλάφτσα της Μακεδονίας, στην παραλία του Βαθιού.
Στη Σάμο διορίστηκε ο Βεγλερής. Εν τω μεταξύ, ο τουρκικός στρατός παραβιάζοντας το καθεστώς της Ηγεμονίας, παραμένει στη Σάμο, καταλύοντας κάθε έννοια δημοκρατίας και νομιμότητας και στο μεταξύ καταφθάνουν νέες ενισχύσεις από την απέναντι μικρασιατική ακτή. Στις 7 του Σεπτέμβρη μια ομάδα ενόπλων Σαμιωτών, με αρχηγό το Θεμιστοκλή Σοφούλη, αποβιβάζονται στο Μαραθόκαμπο.
Η είδηση μεταδίδεται σαν αστραπή και την ίδια μέρα στο Καρλόβασι συγκεντρώθηκαν πολλές εκατοντάδες ενόπλων πατριωτών μας και ο λαός των Καρλοβασίων σε πάνδημο συλλαλητήριο, μετά από την ομιλία του Θεμιστοκλή Σοφούλη και του Εμμανουήλ Βλιάμου, δια βοής, ενέκριναν το ψήφισμα:
6.-εκλέγει επιτροπείαν τους υπογεγραμμένους εις ους αναθέτει την εντολήν να υποβάλωσι το παρόν εις την έντιμον Βουλήν των Σαμίων και προς τους κ.κ. Προξένους των εν τη Σάμω προστάτιδων δυνάμεων.
Ι.Χατζηγιάννης, Αλεξ. Κεντούρης, Ν. Νικολάου, Γ. Ιππ. Αποστόλου, Εμ. Π. Νικολάου, Β. Αναγνώστου, Γ. Κ. Νικολάου, Ν. Κ. Χατζιδάκης, Δ. Κατεβαίνης, Ν. Σαράντου, Σ. Διακοσταμάτης, Στ. Ιγγλέσης, Εμ. Βλιάμος, Δ.Σ. Πανέρης, Κ.Δ. Μουρμούρης, Π. Γιανής, Γ.Δ. Νικολαϊδης, Αρ. Ιωαννίδης, Στ. Κατεβαίνης.
Ακολούθησε προκήρυξη του Θ. Σοφούλη προς το λαό της Σάμου με πατριωτικό περιεχόμενο και εκατοντάδες ένοπλοι πήγαν στους Μυτιληνιούς να καταταγούν, όπου ο Σοφούλης είχε το αρχηγείο του. Τα γεγονότα εξελίσσονται ραγδαία και αρχίζουν οι συγκρούσεις των ανταρτών στην περιοχή Παλαιοκάστρου και στη θέση Μπαϊρακτάρη, που είχε οχυρωθεί και ενισχυθεί από τούς Τούρκους με πυροβολικό. Το αρχηγείο του Σοφούλη μεταφέρεται στη Βρύση του Ζερβού, για να έχει άμεση επαφή με το χώρο επιχειρήσεων.
Η μάχη Μπαϊρακτάρη κράτησε πεισματικά όλη μέρα με νεκρούς και τραυματίες. Με την επέμβαση των προξένου της Αγγλίας Λουί Μάρκ , ορίστηκε πενθήμερος ανακωχή από 13 έως 18 Σεπτέμβρη. Τα χωριά της ανατολικής Σάμου σχεδόν αδειάζουν και οι κάτοικοι καταφεύγουν στο Βαθύ για προστασία καθώς και στα χωριά της δυτικής Σάμου.
Οι Τούρκοι στην περιοχή Παλαιοκάστρου καίνε τις οικίες, τις σοδειές, τα καπνά και όλα τα υπάρχοντα. Το ίδιο συμβαίνει και στο Μεσόκαμπο, όπου είχαν αποβιβασθεί. Στο Πάνω Βαθύ ειδοποιήθηκαν οι κάτοικοι να το εγκαταλείψουν και να κατέβουν στο Κάτω Βαθύ για περισσότερη ασφάλεια.
Με την πενθήμερη ανακωχή έγιναν διαπραγματεύσεις και συμφωνήθηκε να εγγυηθούν οι αρχές του νησιού με τις προστάτιδες δυνάμεις την ασφαλή μεταφορά του τουρκικού στρατού στην απέναντι ακτή. Οι Τούρκοι στρατιώτες με την επέμβαση του Σοφούλη μεταφέρθηκαν με σαμιώτικα καΐκια με την σημαία της ηγεμονίας. Με την αποχώρηση του τουρκικού στρατού ο λαός πανηγυρίζει. Το βράδυ της 19ης Σεπτεμβρίου 1912, ο Σοφούλης με προκήρυξή επισημαίνει, ότι η μόνη κυρίαρχος και έγκυρος εν τω τόπω εξουσία είναι η επανάστασις.
Στις 5 του Οκτώβρη τα Βαλκανικά κράτη Ελλάδα, Βουλγαρία και Σερβία, κηρύττουν τον πόλεμο εναντίον της Τουρκίας. Ακράτητος ενθουσιασμός επικρατεί στο νησί μας και στις αρχές του Νοέμβρη 500 εθελοντές Σαμιώτες , μαζί τους και ο Σοφούλης, μεταφέρονται στην Αθήνα, διαθέτοντας συγχρόνως και ένα σημαντικό χρηματικό ποσό από εράνους πατριωτών μας, για την ενίσχυση του Ελληνικού στρατού που στο μεταξύ είχε καταλάβει τη Θεσσαλονίκη.
Ο Σοφούλης συνεννοήθηκε με τον Βενιζέλο για την ένωση της Σάμου και επιστρέφοντας στις 10 του Νοέμβρη στο νησί μας, κηρύττει την Ένωση της Σάμου με την Ελλάδα. Στις 11 του Νοέμβρη ημέρα Κυριακή , προσέρχεται στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στις 2μ.μ ο Θεμιστοκλής Σοφούλης συνοδευόμενος από τις αρχές του νησιού εκτός από τον Ηγεμόνα , που είχε ειδοποιηθεί να εγκαταλείψει το ηγεμονικό μέγαρο. Εν τω μεταξύ ο κόσμος είχε κατακλύσει την εκκλησία και τους γύρω χώρους , οι καμπάνες χτυπούσαν χαρμόσυνα και η γαλανόλευκη κυμάτιζε σε όλο το Βαθύ.
Ο Σοφούλης , μη μπορώντας να κρατήσει τα δάκρυά του, διακήρυξε την πανηγυρική ένωση της Σάμου με την Μητέρα Ελλάδα. Οι αγώνες και οι θυσίες του Σαμιώτικου λαού δικαιώνονταν. Το καθεστώς της υποτέλειας γκρεμίζονταν συθέμελα και τη θέση του έπαιρνε η ελευθερία και η δημοκρατία , ιδανικά για τα οποία αγωνίστηκε ο Σαμιώτικος λαός.
Αλλά, παρ’ όλη την ανείπωτη χαρά που δοκίμασε ο Σαμιώτικος λαός, η επίσημη αναγνώριση δεν είχε ακόμη γίνει από την ελληνική κυβέρνηση και οι υποτιθέμενοι προστάτες μας, λόγω αντικρουόμενων συμφερόντων, δεν αποδέχτηκαν το επαναστατικό καθεστώς και την ένωση. Χρειάστηκαν να γίνουν πάνδημα συλλαλητήρια στην κυρίως Ελλάδα, για να στείλει η κυβέρνηση στις 2 του Μάρτη 1913 στη Σάμο, το θωρηκτόν Σπέτσαι να συνοδεύσει το εμπορικόν Θεσσαλία με δύο λόχους στρατού για την κατάληψη του νησιού. Στις 2 Μαρτίου ημέρα Σάββατο, παραμονή της Ορθοδοξίας, αγκυροβολούν στο λιμάνι του Βαθιού και παράλληλα περιπολούν ανοιχτά στο πέλαγος, τα αντιτορπιλικά μας Νίκη και Βέλος που είχαν φτάσει από τη Χίο.
Με εκδηλώσεις ενθουσιασμού γίνεται δεκτός ο ελληνικός στρατός. Ώρα δοξολογίας ορίστηκε η 1μ.μ στο μητροπολιτικό ναό του Αγίου Νικολάου. Η ενσωμάτωση πια της Σάμου με την κορμό του έθνους μας, η οποία φάνταζε ως μακρινό όνειρο, ήταν πλέον πραγματικότητα.
Στις 11 του Νοέμβρη, ώρα 2 μ.μ., κλήθηκε στα γρήγορα η Εθνοσυνέλευση να συζητήσει το νέο τούτο λαϊκό αίτημα και να πάρει σχετική απόφαση.
Η συνεδρίαση έγινε μέσα στον ευρύχωρο ναό του Αγ. Σπυρίδωνα, που ήταν καταστόλιστος από Ελληνικές Σημαίες. Οι Πληρεξούσιοι ήρθαν όλοι εν σώματι. Σε λίγο ήρθαν οι Βουλευτές και πολλοί δημόσιοι υπάλληλοι, ο Πρόξενος της Ελλάδας και ο Μητροπολίτης. Τελευταίος ήρθε ο Σοφούλης μαζί με το γιο του, που κρατούσε ευλαβικά την Ελληνική Σημαία στα χέρια του. Όλοι σηκώθηκαν όρθιοι και χειροκροτούσαν.
’ρχισε η συνεδρίαση. Στην αρχή διαβάστηκε ο κατάλογος των Πληρεξούσιων. Βρέθηκαν τρεις απόντες δικαιολογημένοι. Αμέσως πήρε ύστερα το λόγο ο Πρόεδρος Σοφούλης και είπε :
" Δεν έχετε ανάγκην να σας εξηγήσω τον σκοπόν που σας εκάλεσα με τόσην σπουδήν και βίαν διότι όλοι ανεμένατε με ακράτητον αγωνίαν τη στιγμή αυτή που συγκεντρούνται πόθοι και όνειρα ολοκλήρων αιώνων, τη τρισευλογημένη αυτή στιγμή, που μας αποδίδει την αληθινή ζωή, την αληθινή ελευθερία, την αληθινή ευτυχία.
Γεγονότα μεγάλα, ως αυτό, δεν έχουν ανάγκη να πανηγυρισθούν με λόγια, ομιλούν μόνα των και χύνουν τη πιο μεγάλη και πιο ιερά συγκίνηση που είναι ικανή να δεχθή η ανθρώπινη ψυχή.
Και τίποτε δεν μπορεί να μιλήση ευγλωττότερον και να παραστήση την ιερότητα της στιγμής, όσον η άφωνη αυτή Σημαία που συμβολίζει το μεγαλείον και την ενότητα της φυλής μας. Σημαία που συνοδεύει τώρα η δόξα και ριπίζουν οι πτερυγισμοί της Νίκης. Σημαία που χαρίζεται τας ημέρας αυτάς από τα τετιμημένα χέρια του Διαδόχου την ελευθερίαν και την ανάστασην εις όλο το αλύτρωτον γένος. Σημαία, που από τη στιγμή αυτή, είναι και η επίσημος Σημαία της Σάμου ".
Το παραλήρημα της στιγμής εκείνης δε περιγράφεται. Η μουσική παίζει και οι μαθητές των σχολείων και ο κόσμος ψάλλουν μαζί της τον Εθνικό Ύμνο. Οι καμπάνες των δύο Βαθιών σημαίνουν ακατάπαυτα, τουφεκιές από κάθε λογής τουφέκια, χαιρετούν το ιστορικό και χαρμόσυνο γεγονός. Μερικοί, από τη χαρά τους κλαίνε και άλλοι αλληλοαγκαλιάζονται και φιλιούνται. ’μα ησύχασαν λίγο, ο Δεσπότης, διαβάζοντας μια κατάλληλη ευχή, ευλόγησε τη Σημαία και την ασπάστηκε. Το ίδιο έκαναν και οι Πληρεξούσιοι όλοι. Έπειτα βγήκαν έξω από το ναό και σχημάτισαν μεγαλόπρεπη πομπή για το Μέγαρο.
Εμπρός πήγαινε ένας παπάς κρατώντας ψηλά το Ευαγγέλιο. Ακολουθούσαν ο Δεσπότης και ο Σοφούλης, κρατώντας τη Σημαία από τις τέσσερις γωνίες, τα μέλη Προσωρινής Κυβερνήσεως, που όρισε η Εθνοσυνέλευση στο τέλος της συνεδρίας, οι πληρεξούσιοι και άλλοι επίσημοι. Πολιτοφύλακες, μαθητές και μαθήτριες των μεγάλων τάξεων αποτελούσαν τη τιμητική φρουρά της Σημαίας. Εξαιρετική εικόνα παρουσίαζαν οι μαθήτριες του Παρθεναγωγείου, που ήταν ντυμένες κάτασπρα και κρατούσαν σημαιούλες στα χέρια τους ασπρογάλανες. Κόσμος πολύς περίμενε στην πλατεία του Μεγάρου και στην παραλία, από το γεφυράκι ως την πλατεία του Πυθαγόρα.
Στο μέγαρο ανέβηκαν ο παπάς ο Δεσπότης και ο Σοφούλης. Πρώτος πρόβαλε στον εξώστη ο παπάς με το ευαγγέλιο ψηλά και αμέσως ύστερα από αυτόν, οι δύο άλλοι με τη Σημαία. Στο αντίκρυσμά της, όλη εκείνη η ανθρωποθάλασσα ξέσπασε σε εκδηλώσεις ενθουσιασμού ζωηρότερες από τις πρώτες. Χρειάστηκε προσπάθεια και ώρα πολλή για να γίνει κάποια ησυχία.
Ο Σοφούλης κατέβασε τη Σημαία της Ηγεμονίας, έδεσε την Ελληνική στο σκοινάκι του κονταριού και πολύ συγκινημένος έβγαλε λόγο.
Με τα τελευταία όμορφα λόγια του, ύψωνε σιγά - σιγά τη γαλανόλευκη πάνω στο κοντάρι. Η Μουσική παίζει τον Εθνικό μας ύμνο πρώτα και συνέχεια το εμβατήριο της Σημαίας " Πάντα όπου σ' αντικρύζω .... ". Οι γλυκόφωνοι ψάλτες, που όταν γινόταν ο ασπασμός της Σημαίας μέσα στον ’γ. Σπυρίδωνα έψελναν το " Αξιόν εστίν ώς αληθώς .... " ψάλλουν τώρα την καταβασία της εορτής των Φώτων " Ελευθέρα μέν η φύσις λογίζεται .... ". Και ο κόσμος συνεχίζει τις τουφεκιές, τις κωδωνοκρουσίες και τις διάφορες άλλες θερμότατες εκδηλώσεις.
Η πόλη είναι καταστόλιστη από Ελληνικές Σημαίες που υψώθηκαν σε όλους τους εξώστες την ίδια ώρα που η γαλανόλευκη υψώθηκε στο κοντό του Μέγαρου.
Τέλος έγινε παρέλαση της χωροφυλακής και των Σχολείων και η αξέχαστη τελετή τελείωσε. Τα γλέντια όμως συνεχίστηκαν και το βράδυ στα σπίτια.
Ο Βεγλερής, που από τις 23 του Σεπτέμβρη κατοικούσε σε ένα εξοχικό του Μαλαγαριού, αναχώρησε από τη Σάμο.
Τις αμέσως επόμενες μέρες αναχώρησε για την Αθήνα η Επιτροπεία, που είχε εκλεγεί από την Εθνοσυνέλευση, στη συνεδρία της 11 Νοεμβρίου, με την εντολή να υποβάλει το Ψήφισμα της Ένωσης στον Βασιλέα και στον Πρωθυπουργό. Ο Βενιζέλος με συγκίνηση το παράλαβε. Δήλωσε όμως ότι δεν το αποδέχεται ανεπιφύλακτα για λόγους διεθνείς που επιβάλλουν την αναβολή της αναγνώρισης και κατάληψης της νήσου από το στόλο και στρατό σε ευθετότερο χρόνο. Τούτο έγινε στις 2 του Μάρτη του 1913.
Εδώ κλείνει η περίοδος της Ηγεμονίας της Σάμου, που κράτησε 80 χρόνια ( 1832 - 1912 ).
