Το λιμάνι στο Μαλαγάρι, μαζί με άλλα τέσσερα έργα, μελετήθηκαν, δημοπρατήθηκαν και κατασκευάστηκαν την περίοδο 1994-1998, με σκοπό να εξυπηρετηθούν άνθρωποι και οχήματα που μετακινούνται με τα πλοία, και να αποσυμφορηθεί η παραλιακή λεωφόρος του Βαθιού.
► Το λιμάνι Μαλαγαρίου θα δέχονταν όλα τα επιβατικά και εμπορικά πλοία. Ο μόλος που σήμερα εξυπηρετεί αυτά τα πλοία, θα εξυπηρετούσε μόνο τα τουριστικά σκάφη και τα κρουαζιερόπλοια, αφού πρώτα θα κατασκευάζονταν όλες οι απαραίτητες υποδομές για μετατροπή του σε σημείο εισόδου- εξόδου.
► Ο παραλιακός δρόμος που συνδέει το Μαλαγάρι με την παραλιακή λεωφόρο του Βαθιού, θα αξιοποιούσε και θα προστάτευε από τη διάβρωση της θάλασσας την περιοχή, θα αποτελούσε δρόμο περιπάτου και αναψυχής και κυρίως θα επέτρεπε την άνετη και ασφαλή επικοινωνία της πόλης με το νέο λιμάνι
► Το τμήμα Μαλαγάρι – Φλόκα, θα εξυπηρετούσε όλα τα οχήματα που θα κατευθύνονταν προς τα Δημοτικά Διαμερίσματα του Δήμου Βαθέως, τον Δήμο Καρλοβάσου και τον Δήμο Μαραθοκάμπου..
► Το τμήμα Μαλαγάρι – Αγία Ειρήνη, Θα εξυπηρετούσε όλα τα οχήματα για τον Δήμο Πυθαγορείου, και θα αποσυμφορούσε την Νεάπολη.
► Τέλος, το νέο μεγάλο κτίριο που θα στέγαζε το Λύκειο του Βαθέως θα στέγαζε και το Τεχνικό Λύκειο, ώστε και τα παιδιά να φοιτούσαν σε νέο διδακτήριο και να αποδεσμεύονταν το Μαυρογένειο για να στεγάσει υπηρεσίες Λιμεναρχείου και Τελωνείου.
Δέκα χρόνια τώρα, όλα τα παραπάνω έργα έχουν τελειώσει.
Μπορεί η πάντα προβληματική κυκλοφορία στην παραλιακή λεωφόρο, τώρα με τις εργασίες του Βιολογικού, να γίνεται χαώδης, οι εργασίες όμως θα τελειώσουν, και η καθαρή πλέον θάλασσα στο λιμάνι του Βαθιού, θα αυξήσει τις δυνατότητες αξιοποίησης της παραλιακής λεωφόρου, δυνατότητες που θα αυξηθούν ακόμα περισσότερο αν η κυκλοφορία περιοριστεί και γιατί όχι, για κάποιες βραδινές ώρες, το καλοκαίρι, μηδενιστεί. Κάτι τέτοιο είναι πλέον εφικτό, με το Περιμετρικό, που θα τελειώσει σε λίγο, και με την αξιοποίηση εσωτερικών δρόμων.
Μέρος της παραλιακής μπορεί να διατεθεί για «τραπεζάκια έξω» μπροστά σε μια καθαρή θάλασσα. Κάτι τέτοιο θα αναβάθμιζε όλη τη πόλη. Απαραίτητη η χρησιμοποίηση του λιμανιού Μαλαγαρίου. Μπορεί κάποια, λίγα, ιδιωτικά συμφέροντα να θίγονται προσωρινά. Το γενικό όμως καλό θα είναι άμεσο και διαρκές.