Το Μουσείο αποτελεί μια νέα, ολιστική και δυναμική προσέγγιση της σχέσης αρχαιολογικού χώρου – Μουσείου – επισκέπτη. Ενσωματώνει και ενώνει το νέο κεντρικό κτήριο με το σύνολο του αρχαιολογικού χώρου των Αιγών (Βεργίνα), ο οποίος περιλαμβάνει το Ανάκτορο του Φιλίππου, την ταφική συστάδα των Τημενιδών, καθώς και το Μουσείο των Βασιλικών Τάφων. Το κεντρικό μουσειακό κτήριο, σχεδιάστηκε για να γίνει η νοηματική πύλη εισόδου στον αρχαιολογικό χώρο και στην ιστορία των Αιγών, στην ιστορία και τον πολιτισμό των Μακεδόνων, αλλά και στην ελληνιστική Οικουμένη, εφόσον εδώ θα φιλοξενηθεί η φυσική έδρα του ψηφιακού μουσείου «Μέγας Αλέξανδρος, από τις Αιγές στην Οικουμένη».
Το Μουσείο αυτό, ενσαρκώνει μία νέα δυναμική προσέγγιση της σχέσης του με τον αρχαιολογικό χώρο, καθώς ενώνει όλο το κτιριακό συγκρότημα το οποίο έρχεται από το βαθύ ιστορικό παρελθόν. Το ανάκτορο του Φιλίππου, την ταφική συστάδα των Τημενιδών, αλλά φυσικά και τους βασιλικούς τάφους. Ακολουθεί με άλλα λόγια το οικιστικό μοντέλο της ίδιας της αρχαίας πόλης, ενός ανοιχτού άστεως, με επάλληλους οικισμούς γύρω από έναν κεντρικό πυρήνα».
